合同纠纷中，当原合同存在漏洞或因情况变化需对合同内容进行调整时，当事人可签订补充协议。首先，双方应就补充协议的内容进行协商。协商过程中，明确需要补充或变更的条款，如在买卖合同中，若原合同未约定货物运输方式，双方可协商确定是通过公路、铁路还是其他运输方式，并将协商结果纳入补充协议。其次，补充协议的形式要符合法律规定和合同约定。一般应采用书面形式，由双方签字盖章确认。补充协议的内容要具体、明确，避免产生歧义。例如，在补充协议中约定 “货物运输由甲方负责，运输费用由甲方承担，运输期限为自合同签订之日起 10 日内”，清晰界定各方权利义务。在签订补充协议时，要注意与原合同的衔接，明确补充协议与原合同不一致的地方，以补充协议为准。若补充协议对原合同进行了重大变更，可能需要重新评估合同风险，如涉及价格调整、履行期限大幅变化等情况。另外，若原合同有关于签订补充协议的特殊约定，如需经过特定审批程序等，要按照约定执行。​

案例：丙公司与丁公司签订软件开发合同，合同履行过程中，因业务需求变化，丁公司要求增加软件功能模块。双方协商后，签订补充协议，约定丙公司在原合同基础上增加开发三个功能模块，开发费用增加 5 万元，交付时间延长一个月。​

法律分析：在此案例中，丙、丁公司因业务需求变化签订补充协议，明确了增加的开发内容、费用及交付时间变更等关键信息。补充协议签订后，与原软件开发合同共同构成完整合同体系。丙公司需按照补充协议要求完成新增功能模块开发，丁公司需支付增加的费用。若丙公司未按补充协议履行，丁公司可依据补充协议及原合同追究其违约责任。​

律师建议：合同双方在发现需要签订补充协议时，要及时沟通，充分协商，确保补充协议内容符合双方利益及实际需求。签订补充协议前，对补充协议可能产生的影响进行评估，如成本增加、风险变化等。补充协议签订后，要妥善保存，与原合同一并作为履行和解决纠纷的依据。若在签订过程中对补充协议的内容、形式等存在疑问，可咨询专业律师，确保补充协议合法有效，避免因补充协议问题引发新的纠纷。同时，在履行补充协议过程中，双方要密切配合，按照协议约定履行各自义务。