约定管辖法院的合同被认定无效后，可以按以下方式处理：

确定案件管辖法院：

被告住所地法院：一般情况下，合同纠纷案件可由被告住所地的人民法院管辖。公民的住所地是指公民的户籍所在地，法人或者其他组织的住所地是指法人或者其他组织的主要办事机构所在地。法人或者其他组织的主要办事机构所在地不能确定的，法人或者其他组织的注册地或者登记地为住所地。

合同履行地法院：如果合同约定了履行地点，那么该地点可视为合同履行地；如果合同对履行地点没有约定或者约定不明确，需根据具体情况判断。例如，争议标的为给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地；交付不动产的，不动产所在地为合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地；即时结清的合同，交易行为地为合同履行地。

处理合同相关事务：

返还财产：合同被确认无效后，当事人依据该合同所取得的财产应当返还给对方。目的是使当事人的财产关系恢复到合同签订以前的状态。例如，甲公司与乙公司签订的买卖合同被认定无效，甲公司此前收到了乙公司交付的货物，乙公司收到了甲公司支付的货款，那么双方应相互返还货物和货款。

折价补偿：如果因无效合同所取得的对方当事人的财产不能返还或者没有必要返还时，需要按照所取得的财产的价值进行折算，以金钱的方式对对方当事人进行补偿。比如，一方取得的财产已经被消耗或者损坏无法原物返还，或者原物返还的成本过高，此时可以进行折价补偿。

赔偿损失：合同被确认无效后，如果由于一方或者双方的过错给对方造成损失时，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失。各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。例如，一方因自己的过错导致合同无效，给对方造成了额外的费用支出、机会损失等，那么该方应承担相应的赔偿责任。

协商或诉讼解决纠纷：

协商：合同双方可以尝试再次进行协商，就合同无效后的处理方式达成一致意见。协商可以节省时间和成本，并且有助于维护双方的商业关系。

诉讼：如果双方无法协商解决纠纷，那么受损方可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，通过司法途径解决争议。在诉讼过程中，需要提供相关的证据材料，以支持自己的主张。